全基因组甲基化实验设计思路为差异比较，常见的类型为实验组与对照组，进行两两比较。通过重亚硫酸盐对基因组DNA进行处理，将未甲基化的C碱基转化为U碱基，而甲基化的C则不会改变，进行PCR扩增后U碱基会变成T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来。WGBS精密度高，可以精确得到单个碱基，获得单碱基精度生物甲基化图谱。建议设置3-6个生物学重复，以减少组内误差并增强结果的可靠性。