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环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类特殊的非编码RNA分析,测序采用Illumina测序平台进行测序,针对有参考基因组样本开展准确的circRNA鉴定以及来源基因的分析, 环状RNA测序在医学、农学研究领域应用越来越广泛。
作用机制
- miRNA分子海绵作用 有些circRNA具有miRNA的应答元件(miRNA response element, MRE),能够作为分子海绵而吸附miRNA,从而作为竞争性内源RNA (ceRNA)分子,在circRNA-miRNA-mRNA的调节体系中起作用,研究表明在不同物种中circRNA可以作为ceRNA与miRNA竞争靶基因的结合。
- 疾病标志物因为circRNA有很强的稳定性和组织表达特异性,所以医学上常常把circRNA作为疾病的生物标记物来使用。
- circRNA可以调节亲本基因的表达大量存在于细胞核的IcircRNA可参与基因的调控反应,能够通过顺式调控作用增强其亲本基因转录能力,或者EIcircRNA与转录因子结合,竞争性调控经典的RNA线性剪接。
技术路线
分析内容展示
案例解读
研究背景
circRNA在调节动物的各种生物过程中发挥重要作用,在动物主要调节各种生物过程中的基因表达,植物中主要在发育过程和逆境响应中发挥着功能作用。植物激素茉莉酸(JA)可以诱导植物中JA响应基因的表达和各种次级代谢物的积累来调控植物的生长发育过程以及对生物胁迫的适应性。然而circRNA是否参与了植物对JA应答尚不清楚。
研究结论
本研究对MeJA处理的不同时间梯度的拟南芥样本进行高通量测序。分析结构共鉴定到8588个circRNA,其中65.99%只产生一个circRNA。不同的时间点处理鉴定了385个共有差异表达circRNA,大多数差异circRNA的表达在MeJA处理后24h和48h显著增加。同时,对差异circRNA的来源基因进行了功能注释和富集分析,GO结果表示富集宿主基因的功能与植物对刺激的反应有关。这些结果表明circRNA可能在JA介导的信号通路中发挥作用。本研究揭示了circRNA在JA信号网络中的潜在功能。
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