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miRNA测序是通过检测已知和未知miRNA的表达水平及其表达差异,结合同一样本的转录组测序数据进行联合分析,可以同时分析miRNA及其靶基因的表达情况,为研究RNA的功能及调控机制提供有力的工具。
作用机制
- 翻译抑制:miRNA与靶mRNA通过6-7个碱基互补结合(部分互补),可导致miRNA在蛋白质翻译水平上抑制靶基因表达(哺乳动物中比较普遍)。
- mRNA的降解:miRNA也有可能影响mRNA的稳定性。如果miRNA与靶位点完全互补(或者几乎完全互补), 那么这些miRNA的结合往往会引起靶mRNA的降解(在植物中比较常见)。
- 转录调控:表观遗传是指在核酸序列水平上不涉及基因组改变的遗传变化。miRNA影响基因启动子的CpG 岛甲基化作用,在转录水平直接对靶基因进行调控作用。
- 联合分析:可以与多种产品进行联合分析。包括mRNA+miRNA 、lncRNA+miRNA、circRNA+miRNA+ lncRNA、甲基化+mRNA+miRNA等。
技术路线
分析内容展示
案例解读
研究背景
苹果是世界上最重要的经济果树之一,干旱胁迫抑制苹果生长,导致叶片过早脱落,果实产量和品质下降。SnRNA参与了植物的许多生物学过程,如生长和器官发育、激素信号通路、营养吸收和调控以及非生物和生物胁迫反应。最近的研究集中在揭示苹果miRNA在许多生物过程中的作用,如营养阶段转变,茎生长、形态发生和生物应激反应。然而对干旱胁迫下苹果miRNA的响应模式和调控网络的研究还很少。
研究结论
在本研究中,通过小RNA测序分析来鉴定野生苹果中的snRNA及其靶标基因,鉴定得到210个已知miRNA和125个候选miRNAs。研究干旱胁迫下这些snRNA和靶基因的表达模式。基于功能注释和富集结果得出结论,miR171i-SCL26.1模块通过调节抗氧化基因表达和抗坏血酸代谢来提高抗旱性,snRNA在干旱胁迫的早期能够快速响应环境刺激并调节基因表达。
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