科研服务
宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养, 直接提取环境样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。
产品特点
- 直接对群落样本中的基因片段进行测序,真实再现群落复杂而精密的生态功能;
- 样本类型涵盖广,微量提取成功率高;
- 使用Illumina NovaSeq超高通量测序平台,速度更快周期更短;
- 功能+物种,双管齐下;拼接+不拼接,各取所长,真正实现对物种和功能的“高分辨率”精确定量;
- 根据样本、数据特征,自动选择最佳分析流程,多种功能注释数据库可选,最优化宏基因组功能代谢谱注释;
- 通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统深入地挖掘宏基因组大数据种差异相关的关键物种和关键功能,精确识别关键生物标记物。
技术路线
分析内容展示
案例解读
研究背景
随着工业化和城市化进程的推进,多环芳烃类污染物在水体沉积物中频繁检出,给水生态安全和人类健康造成极大威胁。 本研究通过结合梯度稀释培养法、传统的分离培养技术以及宏基因组生物学分析等多种方法手段,深入解析了黑臭河流沉积物中硫酸盐呼吸耦合多环芳烃降解的核心功能微生物组。
研究结论
梯度稀释培养法在显著降低沉积物中微生物群落复杂,同时并未削弱菌群的多环芳烃降解功能。Desulfovibrio和Petrimonas是硫酸盐呼吸耦合多环芳烃降解的核心功能微生物。 这两种微生物通过潜在的协同作用促进多环芳烃降解转化。其中,Desulfovibrio主要负责通过羧化途径将多环芳烃降解至六氢-2-萘甲酰,而Petrimonas则利用其相对完整的三羧酸循环途径和磷酸戊糖途径实现前者多环芳烃中间代谢产物的进一步降解转化。
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