科研服务
全长扩增子(16S/18S/ITS)测序基于Pacbio长读长测序平台,以16S为例,可以一次性获得9个高变区序列信息,获得注释到“种”的分类鉴定!不仅可以提高物种鉴定分辨率,还可以通过全长序列进行准确的物种注释,从而更加真实地还原样本中微生物的群落结构。
产品特点
- PacBio全长多样性测序基于HiFi模式对单一片段进行多轮测序的方式来提升准确性。 由于PacBio的原始错误为随机错误,可通过获取CCS进行自身纠正来提升数据的准确性。同一片段测序 5 次后,单一 Read的准确性至少达到Q20 (99%)。
- 全长序列中携带的特征信息更多,可以支持“种”水平的分辨率。
- 群落结构更准确,避免了短读长扩增子的PCR引物选择会影响推断的群落准确性和某些细菌类群的敏感性;
- CCS扩增子测序模式结合DADA2软件算法,可获得单碱基/近零错误率的全长rRNA基因序列。
项目流程图
分析内容展示
案例解析
研究背景
砷是一种重要的有害金属,普遍存在于受污染的土壤、河流和地下水中。然而,关于三氧化二砷(ATO,砒霜) 对水禽肠-肝轴的影响及其肝毒性的研究还很少。本研究探讨了肠-肝轴在三氧化二砷诱导的肝毒性和肠道毒性中的作用。
研究结论
ATO暴露引起鸭肠菌群α-多样性显著降低,对照组中凸腹真杆菌、产硫球链菌、类肠膜魏斯氏菌和厌氧消化链球菌等更丰富。 ATO暴露显著降低肠道屏障相关蛋白的表达,导致肠道通透性增加和脂多糖水平升高;上调了肝脏和空肠的焦亡相关指数, 并增加了促炎细胞因子的产生。进一步的机制研究表明, ATO诱导的肝脏和空&肠炎症是由LPS/TLR4/NF-κB信号通路和NLRP3炎症小体的激活引起的。这些结果表明,ATO 暴露可导致肝脏和空肠炎症和焦亡,而间接的肠-肝轴通路可能在ATO诱导肝毒性的潜在机制中发挥重要作用。
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